Hikaye, Sugomori isimli kurgusal bir şehirde geçmektedir. Liseye giden ana karakter Katsuhira Agata güçlü bir bedene sahiptir ve nedeni bilinmedik bir şekilde acı hissetmemektedir. Günün birinde, sınıf arkadaşı olan Noriko Sonosaki, Katsuhira Agata’ya “ Sen bir Kiznaiver olarak seçildin” der. Kizuna Sistemi, Katsuhira’nın yaralarını paylaşmasına izin veren ve onun, yaşadıkları hayatları ve kişiliklerini tamamiyle farklı olan sınıf arkadaşlarıyla bağlanmasını sağlamaktadır. Bu sisteme bağlı olan herkese Kiznaiver’ler denir. Bir Kiznaiver yara aldığında, sistem bu yarayı böler ve diğer Kiznaiverler arasında iletir. Katsuhira Agata ve arkadaşlarının birbirlerinin yaralarını nasıl saracaklarını konu alır.