Son meleğin yok oluşuyla,Nerv'in karşısında son bir düşman kaldı onlar da Seele'nin emrindeki askerler.Orijinal serinin sonuna doğru derin bir depresyona giren Shinji İkari kendisine sunulan insanların varlığının tamamen kabul edilmesi ya da bütün insanların bir olması hakkında kendine sunulan ültimatomla mücadele etmektedir.Aynı zamanda Nerv tehlike altındayken Gendou İkari ve Ayanami Rei Nerv'in çekirdeğinde bulunan Lilith'i geleceği kendi ideallerine göre kullanmaya çalışıyor.The End of Evangelion izleyeciye serinin son iki bölümü yerine geçen alternatif bir son sunuyor.